Bioinformática

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Browsing Bioinformática by Subject "Software"

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    Open AccessTrabajo académico
    BlaSTorP : herramienta NCBI-BLAST a nivel local
    (2010) Chicano Gálvez, Eduardo; Chicano Gálvez, Eduardo
    Tesis dirigida por Antonio Jesús Pérez Pulido y Juan Falgueras Cano. Se ha desarrollado una nueva herramienta bioinformática con el fin de resolver los problemas que el investigador novel en proteómica y bioinformática tiene a la hora de llevar a cabo la identificación masiva de secuencias peptídicas provenientes de secuenciación “de novo” mediante espectrometría de masas en las bases de datos más comúnmente utilizadas por los investigadores en Internet. Estas bases de datos son muy complejas y contienen demasiada información que no siempre se usa en su totalidad. Por ejemplo, la página web de uniprot ofrece información muy extensa sobre la proteína que estemos buscando en varios subapartados: nombres y orígenes, atributos de la proteína, comentarios de la anotación, ontología, anotaciones sobre la secuencia, secuencia en formato fasta y propiedades como longitud y masa teóricas, referencias cruzadas, referencias bibliográficas, etc. La creación de este programa constituye una herramienta eficaz para la realización de este trabajo y ayuda a ahorrar tiempo en la identificación y búsqueda de las funciones más comunes de las proteínas que estemos tratando de identificar, además de resultar una herramienta sencilla y disponible por la web en el caso de montar un servidor público o bien de forma local. // A new bioinformatics tool has been developed to help the new researchers in proteomics and bioinformatics to carry out the identification of sequences obtained by "de novo" sequencing using the most common mass spectrometry databases. Databases are very complex and contain too much information that is not always enterely used. Thus, UniProt offers extensive information about proteins divided into several subsections: names and origins, attributes of the protein, commentaries, ontology, annotations on the sequence, sequence in fasta format and theoretical properties like length and mass, cross references, bibliographic references, etc. This new program is an effective tool for carrying out this work, saving time in protein identifications and recruiting the most common functions of the proteins we are trying to identify, as well as being a simple tool.
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    Open AccessTrabajo académico
    "Smith-Waterman" paralelo en arquitectura de many-core para búsquedas en bases de datos de secuencias
    (Universidad Internacional de Andalucía, 2011) Lago Cabrera, Juan; Lago Cabrera, Juan
    Trabajo fin de Máster dirigido por Sergio Gálvez Rojas, y co-tutores: Oswaldo Trelles Salazar y Gabriel Dorado Pérez. En este trabajo se ha desarrollado un algoritmo denominado MC64-S3W (MultiCore 64 – Sequence Search Smith-Waterman) para realizar el alineamiento local de una secuencia problema contra una base de datos de secuencias de ácidos nucleicos de gran tamaño (entre 80 y 260 kilobases) en arquitectura hardware de muchos núcleos. La posibilidad de realizar alineamientos de gran tamaño (obteniendo el alineamiento local óptimo) bajo arquitectura de muchos núcleos es, por tanto, uno de los elementos diferenciadores de este trabajo. En el trabajo se justifica el ahorro de tiempo que se consigue al paralelizar varios alineamientos simultáneos y se realiza un estudio comparativo con otras implementaciones paralelas ampliamente referenciadas como es el caso del algoritmo CUDASW++. También se incluye una comparativa con BLAST. El trabajo se completa con una revisión del estado del arte en la comparación de secuencias de ácidos nucleicos y péptidos, con objeto de obtener el grado de similitud entre ellas, tanto desde un punto de vista algorítmico como desde el punto de vista de estudios biológicos en los que se referencian alineamientos de secuencias de gran tamaño.