Variabilidad natural de la Isla Genómica 1 de "Haloquadratum walsbyi"

Abstract

Trabajo Fin de Máster. Tutores: Francisco Rodríguez Valera y Enrique Viguera Mínguez. El presente trabajo presenta el análisis bioinformático de varios fósmidos pirosecuenciados pertenecientes a una zona muy concreta del genoma de la archaea cuadrada hiperhalófila Haloquadratum walsbyi, la isla genómica 1 (GI1). Esta área se fue definida como tal en el trabajo de Cuadros-Orellana et al. (2007) usando como referencia el genoma de H. walsbyi DSM 16790. En este trabajo, se han analizado varios fragmentos genómicos pertenecientes a varios linajes co-existentes de esta archaea cuadrada, la cual domina la flora microbiana de aguas hipersalinas. En concreto, el área del genoma estudiada es la isla genómica rica en genes que codifican proteínas implicadas en la envuelta celular de esta archaea (denominda GI1 en este trabajo). A partir de una librería de fósmidos ambiental construida a partir de una muestra recogida en el mismo cristalizador (CR30) donde el primer aislado de H. walsbyi se obtuvo (cepa HSBQ001), se han secuenciado 7 fósmidos que cubren GI1, donde se encuentran, entre otros, el gen para la “proteína mayoritaria de la capa S” y otras glicoproteínas de la superficie celular. Además de estos fragmentos, hemos sumado en el análisis, las islas GI1 presentes en los genomas y la descrita previamente presente en el fósmido eHw-559.