dc.contributor.author | Martín-Albo Rodríguez-Escalona, Diego | |
dc.date.accessioned | 2022-10-10T06:58:17Z | |
dc.date.available | 2022-10-10T06:58:17Z | |
dc.date.issued | 2021 | |
dc.identifier.uri | http://hdl.handle.net/10334/6583 | |
dc.description | 46 páginas. | es |
dc.description.abstract | Trabajo de Máster Universitario en Simulación Molecular (2020/21). Directores: Dr. D. Luis González MacDowell ; Dr. D. Pablo Llombart González. Conocer el funcionamiento de las membranas biológicas o bicapas lipídicas es de gran
interés tanto para la biología como para la físico-química, debido a la complejidad de
estas estructuras, que pueden transicionar entre distintas fases como la denominada
cristal líquido, ondulada o la fase liquida ordenada.
Por la dificultad de poder obtener estas estructuras de una forma pura y gracias a los
avances en la tecnología y los estudios de dinámica molecular, este trabajo ha tratado
de simular el comportamiento de una membrana monocomponente formada por una
bicapa de esfingomielina sometiéndola a temperaturas que varían entre los 0 y los
75ºC , en un sistema formado por la bicapa de estudio en un entorno de solvente agua.
Las simulaciones se realizaron accediendo a los ordenadores pertenecientes a
Camaragibe de la Universidad Complutense de Madrid a distancia, utilizando el
paquete de software libre GROMACS y utilizando los modelos de campo de fuerza
GROMOS54A7 y de agua SPC, todo ello facilitado por los doctores Pablo Llombart y
Luis G. MacDowell, supervisores de este trabajo.
De las simulaciones se obtuvo información relacionada con características como los
perfiles de densidad, área por lípido, el desplazamiento cuadrático media o los
coeficientes de difusión de la membrana, gracias a la que podemos observar las
características de las distintas fases por las que pasa la membrana.
La membrana pasa por estos estados conforme aumenta la temperatura, variando
también su densidad, ancho, área por lípido y difusividad, afectando los cambios de
temperatura al sistema y haciendo que al final la membrana pase a un estado más
desordenado o fluido.
Estos resultados concuerdan con lo visto en estudios previos de lípidos en sistemas
parecidos. | es |
dc.description.abstract | Understanding the behaviour of biological membranes or lipid bilayers is of major
interest for both biology and physico-chemistry, because of to the complexity of these
structures, which can transition between different phases such as liquid crystal, ripple
or ordered liquid phases.
Due to the difficulty of obtaining these structures in a pure form and thanks to advances
in technology and molecular dynamics studies, this work has tried to simulate the
behavior of a monocomponent membrane formed by a sphingomyelin bilayer by
subjecting it to temperatures ranging between 0 and 75ºC, in a system formed by the
bilayer of study in a water solvent environment.
The simulations were performed by accessing the computers belonging to Camaragibe
of the Universidad Complutense de Madrid remotely, using the free software package
GROMACS and using the GROMOS54A7 force field and SPC water models, all
provided by Dr. Pablo Llombart and Dr. Luis G. MacDowell, supervisors of this work.
From the simulations we obtained information related to characteristics such as density
profiles, area per lipid, mean square displacement or diffusion coefficients of the
membrane, thanks to which we can observe the characteristics of the different phases
through which the membrane passes.
The membrane passes through these states as temperature increases, varying in
density, width, area per lipid and diffusivity, with temperature changes affecting the
system and ultimately causing the membrane to move to a more disordered or fluid
state.
These results are consistent with previous studies of lipids in similar systems. | en |
dc.language.iso | spa | es |
dc.publisher | Universidad Internacional de Andalucía | es |
dc.relation.ispartofseries | Máster Universitario en Simulación Molecular | es |
dc.rights | Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 Internacional | * |
dc.rights.uri | http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/ | * |
dc.subject | Transiciones de fase | es |
dc.subject | Membranas biológicas | es |
dc.subject | Esfingomielina | es |
dc.title | Transiciones de fase en la membrana de esfingomielina | es |
dc.type | masterThesis | es |
dc.rights.accessRights | openAccess | es |